如果养殖场证件不全或者没有证件,是因为政策管理的原因,而不是被征收养殖场主的自身过错,比如擅自占用基本农田等情形,那么还是应该予以补偿的,如果行政机关为了降低补偿成本而启动违建拆除程序,养殖场完全可以及时咨询律师拿起法律武器争取合理补偿。