首先征收依据的法律规范不同，国有土地上房屋征收适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》及相关法律法规，集体土地征收法律依据是《土地管理法》；其次程序不同，集体土地经依法征收，土地性质会转变为国有土地，因此需要经省级政府或国务院批准。而国有土地上房屋征收不需要经此程序；另外重要的一点是补偿内容不同，国有土地上房屋征收，补偿内容包括房屋价值、搬迁、临时安置费、停产停业损失等。集体土地征收，补偿内容有土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗等的补偿费用以及被征地农民的社会保障费用。
