一、房屋所有权人身份不同。集体土地上房屋的所有权人必须是该农村集体经济组织成员；而国有土地上房屋的所有权人可以是任何人。
二、房屋买卖对象不同。集体土地上的房屋只能在集体经济组织内部买卖；而国有土地上的房屋是可以随意买卖的。
三、房屋拆迁补偿标准不同。集体土地上房屋的拆迁补偿标准依据《土地管理法》的相关规定；而国有土地上房屋的拆迁补偿标准依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。一般国有土地上房屋的补偿是高于集体土地上的房屋的。
