先说结论，可以起诉。当事人在收到有关部门下发的“责令停止违法行为通知书”或“责令改正土地违法行为通知书”后，如果认为其认定事实不清，法律适用错误，可以以作出行政机关为被告提起行政诉讼。因为该通知书事实上已经对当事人设定了特定的义务，当事人如果不履行，则可能会受到行政处罚或其他不利影响。而根据行政诉讼法的规定，行政相对人认为行政机关的行政行为侵犯自己合法权益的，有权提起行政诉讼。另外如果该“责令通知书”确有错误而不赋予当事人通过司法途径救济的权利，将导致当事人的合法权益得不到有力保障，因此对于有关部门作出的责令停止土地违法行为通知，可以起诉维权。
