第一，申请村务公开。根据《村民委员会组织法》的规定，对于征地补偿费的使用和分配方案需要经村民会议讨论决定，村民也可以委托代表进行。如果被征地农民觉得村委会截留补偿款项有问题，可以通过申请村务公开的方式确定村委会是否按照法律规定组织了相关村民大会，大会的程序是否合法，相关文件是否有村民或村民代表的有效签字。
第二，申请监督处理。被征地农民如果发现村委会干部违反相关规定，截留土地补偿费，村民有权向乡、镇人民政府反映举报，由乡镇政府监督处理。最后，如果因征地补偿费分配问题发生纠纷，可以依法向法院提起诉讼来维护自己合法权益。
